2017年1月17日火曜日

学部4年生が卒業論文を、修士2年生が修士論文を本格的に書き始めました。

 1月に入って、本格的に卒業論文・修士論文を作成する時期になりました。


卒業論文作成中の太田君。(現在30ページ目)



卒業論文作成中の前田君。(現在26ページ目)



卒業論文作成中の平野さん。現時点で全体のうちの7割完成しているそうです。



修士論文作成中の谷内君。現時点で全体のうちの7割完成しているそうです。



修士論文作成中の私。(現在55ページ目)





 卒業・修士論文の提出日まであと2ヵ月弱あります。皆さん順調に卒業・修士論文の作成を進めることができています。
 私が2年前に卒業論文を作成した時には、取り掛かりが遅かったためなかなか終わらせることができず、卒業論文提出日の3日前ごろから徹夜で作業をしてなんとか卒業論文を完成させました。(この時が人生で一番辛かったです。)
 今回はそのようなことにならないよう、毎日コツコツと修士論文の作成を行いたいと思います。

2017年1月10日火曜日

腸内細菌60種のグリセロールストックを96 well plate上に作製しました。

 新年あけましておめでとうございます。

 今年に入ってから私・奈良が最初に行った実験は「腸内細菌60種のグリセロールストックの入った96 well plate(以下“腸内細菌のプレート”とします。)作製する」というヘビーな実験でした。2015年8月下旬に作製した20枚の腸内細菌のプレートを全て使い切りましたので、今回新たに16枚の腸内細菌のプレートを作製しました。このプレートの上にある小さな穴(ウェルと呼びます)一つ一つに腸内細菌60種それぞれの培養液が入っており、これを種として培養を行う事で一斉に腸内細菌の培養実験を行うことが出来ます。
 
 この腸内細菌のプレートは私たち研究室メンバーだけでなく、他の大学の研究室の方々も使用します。多くの方々の研究に関わる重要な腸内細菌のプレートであるため、前回は栗原先生にプレート作製をお願いしていました。しかし今回はこの重要な仕事を私に任せていただきました。このプレートを種として一度、菌を生育させ、すべてのウェルの菌についてその遺伝子を調べることで(16S rDNAシーケンスを行うことで)、確かに目的の菌が汚染無しに入っているかを確認し、今後の実験に使います。


1菌種ごとの培養液が入った容器
(緑、赤、青色のシールに黒色で番号が記載されている容器です) 


 最も大変な作業は、60種類の菌の培養液にグリセロール(プレートを-80℃の冷凍庫で保存するときに、細菌にストレスがかかり、死ぬのを防ぐために入れる保護剤です。)を加え、これを16枚の96 well plateに分注する作業でした。



96 deep well plate(左手で持っているプレートです。)




 まず、1菌種ごとの培養液が入った容器全部で60個あります。)にグリセロールを加え、その液を96 deep well plate(96 well plateに比べてウェルの深さが深いプレートです。)に移していきます。この際、プレート上にある96個ある穴のうち、あらかじめ私が決めた場所のウェルに目的の腸内細菌の培養液を確実に入れなければなりません。腸内細菌の配置が書かれた紙を何度も確認しながら、慎重に作業を行いました。
次に96 deep well plateに入った培養液を16枚の96 well plateに分注しました。に入った培養液を16枚の96 well plate(嫌気チャンバー内の床一面に置いてあるプレートです。)に分注している様子。)
腸内細菌の種類と作製したプレートの枚数が多いので、すべての作業を終えるのに5時間かかりました。
 37℃、高湿度な嫌気チャンバーに5時間手を入れて作業するのは本当に辛かったですが、食品微生物学研究室の修士1年の河田君に作業のお手伝いをしていただいたお陰でミスなく終えることができました。(60菌種分の培養液を96 deep well plateに入れていく際に私が間違えた場所に入れないよう確認する仕事や準備と片づけを手伝ってもらい、さらに「疲れた」と弱音を吐く私をずっと励ましてくれました。)
 河田君、本当にありがとうございました。

2016年12月20日火曜日

2016年12月14日(水) に研究室メンバーで生物資源工学研究所の忘年会 兼 新入生歓迎会に参加しました。

 2016年12月14日(水)に毎年恒例の生物資源工学研究所の忘年会 兼 新入生歓迎会(忘年会兼歓迎会)が開催されました。この忘年会兼歓迎会には生物資源工学研究所に所属する先生方や学生(大学院生、学部4年生)、さらに来年度から配属予定の学部3年生が参加します。この会では普段話すことができない方々とゆっくりお話しできるため、私はとても楽しみにしていました。今年も研究室メンバー全員で忘年会兼歓迎会に参加しました。
 
忘年会兼歓迎会はYELL CAFEというおしゃれなバーを貸り切って行われました。

乾杯前の様子。今年度は約40人が忘年会兼歓迎会に参加しました。


乾杯前の挨拶をされる生物資源工学研究所 所長の山本憲二先生。




 今回の忘年会兼歓迎会は立食形式だったため、食べ物や飲み物を持って移動しながら多くの人と話すことができました。約2時間の忘年会兼歓迎会で私は他の研究室に所属する15人の先生方や学生とお話しました。



忘年会兼歓迎会の終盤では店員によるボトルショーも行われました。

植物遺伝子機能学研究室の三沢典彦先生と私。
ボトルショーの際にお店の方に作ってもらった
ノンアルコールのカクテルを一緒にいただきました。


 来年度から私たちの研究室に配属される3年生の藤澤君とも話すことが出来ました。




来年度から私たちの研究室に配属される環境科学科3年の藤澤君


 
 今回の忘年会兼歓迎会は植物遺伝子機能学研究室に所属する大学院1年の樋口君と学部4年の深谷君に幹事をしていただきました。


幹事の深谷君(左から2番目)と樋口君(左から3番目)。


 本当にありがとうございました。

2016年12月13日火曜日

Googleでの画像検索

 私たちの研究室で用いる腸内細菌は酸素に触れてしまうと死んでしまうものが多いので、酸素を完全に除去した実験スペースが必要です。そのための重要な実験機器が「嫌気チャンバー」です。これまでに、私・奈良と嫌気チャンバーとの2ショット写真が、腸内細菌共生機構学講座のWebsiteや、ブログでの嫌気チャンバーに関する記事の中で、掲載されています。そうしているうちに、Googleで「嫌気チャンバー」の画像検索を行うと、検索結果の上位に私との2ショット写真が表示されるようになりました。


2016年12月にGoogleで「嫌気チャンバー」の画像検索を行った際の1ページ目の結果。
私と嫌気チャンバーの2ショット写真2枚(赤線で囲われた写真)が並んで表示されています。
左は学部4年の時に、右は修士1年の時に撮影した写真です。髪型が微妙に違います。


 Googleでの画像検索の結果の表示順番の決め方は非公開らしいので、私と嫌気チャンバーとの2ショット写真が上位に表示される理由は分かりませんが、「嫌気チャンバー」を画像検索しただけで、自分の写真が上位に出てくるのが面白いと思いました。

 最近も、嫌気チャンバーとの2ショット写真を撮りました。


最近(修士2年時)に撮影した2ショット写真。
今までの写真とほとんど変わりありませんが、髪型だけは少し違います


 
 今回のブログにこの写真を掲載することで、この写真も画像検索の結果で他の2枚の隣に表示されることになるかもしれません。それを確認するために、時間があるときにはなるべく「嫌気チャンバー」の画像検索をしてみようと思います。

2016年12月6日火曜日

2016年11月28日に4年生の太田さんが2回目の文献紹介を行いました。

 11月28日に文献紹介セミナーが行われ、4年生の太田さんが発表しました。これまで、私たち研究室の文献紹介セミナーは、1つの学術論文を中心的に読み込み、他の論文についてはは補助的に読むという形式で行われていましたが、今回の太田さんのセミナーは4本の学術論文をしっかりと読み込み、それぞれの内容を比較して発表を行うという、今までにない形式の文献紹介でした。

 今回の文献紹介のテーマはポリアミンの定量を、酵素反応を利用して行う「バイオセンサー」についてでした。このバイオセンサーによって、ポリアミンを酵素により反応させ、生じた電子の流れの強弱によって目的物質の簡易定量を行うことができます。バイオセンサーを使うと、これまでの方法よりも簡便に定量を行うことが出来ます。4つの文献ではそれぞれ仕組みの異なったバイオセンサーについて実験をしていましたが、太田さんはそれぞれのバイオセンサーの長所と短所をまとめて分かりやすく説明しました。


4つの学術論文で出てきたバイオセンサーの
長所と短所を表にまとめて説明する太田さん。

 学術論文は英語で書かれているため、私は1つの学術論文を読んでまとめるだけでも大変だと思っています。しかし、私の文献セミナーが終わった直後、太田さんの文献セミナーの2週間前に「google翻訳」が大幅に改善され、これによってかなり早く文献を理解できるようになったそうです。(私も最近よく使っています。)とはいえ、4つの学術論文を読み、それを全て理解し、さらにまとめて分かりやすく説明できていた太田さんはすごいと思いました。太田さんによると、4つの学術論文を読むことよりも、バイオセンサーを知るために必要な酵素学と電気化学についていかにわかりやすく説明するか考える方が大変だったそうです。


研究室メンバーの質問に答える太田さん


 
 今回の文献紹介のおかげでバイオセンサーの面白さを知ることができました。太田さん、お疲れ様でした。

2016年11月29日火曜日

研究員の阪中さんが、アイルランド・Cork市で行われたThe 4th International Propionibacteria and Bifidobacteria symposium.で、「Physiological characterization of 2'-fucosyllactose transport systems from Bifidobacterium longum subsp. infantis.」という演題で発表を行い、Third place for Poster Presentationsを受賞しました。

 2016年9月21日から23日にアイルランド・Cork市で行われた「The 4th International Propionibacteria and Bifidobacteria symposium(第4回プロピオン酸菌とビフィズス菌のシンポジウム)」で、研究員の阪中幹祥さんがビフィズス菌に関する研究内容についてポスター発表と口頭発表を行いました。

 学会委員会による審査の結果、阪中さんは見事発表賞(Third place for Poster Presentations)を受賞しました。

表彰式で学会運営委員のカドモア先生と握手をする阪中さん。


 阪中さんの受賞の感想は「先生方に研究内容を評価していただいて、嬉しかった。」でした。

 また学会2日目の夕方には、ウイスキーの蒸留所を見学するイベントが開催されました。阪中さんはアイルランドのウイスキーの代表銘柄である「JAMESON」の旧蒸留所(the Old Jameson Distillery)を見学しました。


「JAMESON」の蒸留所の入り口。


 旧蒸留所ではJAMESONの製造工程を紹介するツアーに参加し、さらにJAMESONの試飲をしたそうです。


本場・アイルランドで飲むアイリッシュウィスキー。
とても飲みやすかったそうです。


 私・奈良が昨年行ったアメリカの国際学会でも学会主催のイベント(ハイキング)がありました。学会によってさまざまなイベントがあって面白いと思いました。



 阪中さん、受賞おめでとうございます!

2016年11月22日火曜日

消火訓練

 私たち研究室が入居している建物i-BIRDで消火訓練が行われました。私たち研究室メンバーで消防訓練に参加しました。

 消防訓練では万が一i-BIRDで火事が起きた時に対応できるように、消防士の方から屋内消火栓の使い方を教わりました。

私たちの研究室のドアの隣にある屋内消火栓


 さらに実際にi-BIRDの駐車場で屋内消火栓から放水を行いました。



放水を行う私・奈良


放水を行う4年生平野さん


放水を行う技術補佐員の北方さん


放水を行う栗原先生。天気が良かったので放水した部分に綺麗な虹ができました。



 私は今まで屋内消火栓を用いたことがなく、屋内消火栓の使用方法は難しいと思っていました。今回の消防訓練を通して、屋内消火栓のホースは軽く、ノズルをひねるだけで簡単に放水できることを知ることができて良かったです。
 ですが屋内消火栓のお世話にならないよう、実験する時には火の元に十分に気をつけようと思います。